Несмотря на расширение использования пробиотиков, их применение в кормах для рыб ограничено. Процессы производства кормов губят и ингибируют рост чувствительных к теплу бактерий, что мешает внедрению пробиотиков. В последнее время предложены технологии пост-формирования гранул и другие, призванные решить эту проблему. Преимущества их использования наблюдаются во всем мире.
Пробиотики позволяют компаниям производить функциональные комбикорма с повышенной добавленной стоимостью. Во время их потребления гидробиотами, пробиотик благополучно колонизирует кишечный тракт и вызывает ряд благоприятных воздействий, к которым нередко относятся повышенный иммунитет и устойчивость к различным заболеваниям.