Контроль и борьба с инфекцией во время содержания и разведения аквариумных рыбок должны проводиться комплексно. Основные аспекты системного подхода к профилактике и лечению ихтиофтириоза включают предотвращение контакта паразитов с рыбой, проведение диагностики и идентификации паразита, обработку зараженных особей, а также при возможности иммунизацию. Как правило, профилактика более экономически целесообразна по сравнению с непосредственно лечением.

Обычно инфицирование ихтиофтириозом происходит при вселении к здоровым особям зараженных рыбок. В пресноводный аквариум нельзя добавлять новых животных без предварительного 2-3 недельного карантина. Если имеется возможность, рыбки, находящиеся на карантине, должны содержаться при температуре 24°C. Это оптимальная температура для развития I. multifiliis, и за 2-3 недели паразит способен пройти несколько жизненных циклов (Brown and Gratzek, 1980). Таким образом, рыбки, изначально несущие незначительное количество паразитов, за обозначенный срок проявят признаки заболевания. Вода в карантинной емкости, будь то пруд, аквариум или канал, не должна циркулировать через другие заселенные рыбой емкости.

Если обнаруживается инфекция, то начинают лечить вновь прибывших. Обработка, включающая контроль свободноплавающих теронтов, предусматривает разрыв цикла инфекции за счет предотвращения новых случаев заражения. Кроме того, имеется возможность воздействовать на трофонтов, находящихся на теле рыбок (химиотерапия).